Úplná bibliografie za léta 1986 – 2013 in Ústav dějin křesťanského umění Katolické teologické fakulty Univerzity karlovy v Praze 2003 – 2013. Ed. Miroslav Šmíd. Praha 2013 Opera Facultatis theologicae Universditas Carolinae Pragensis, s. 49-58.
Knižní monografie
- Iva STUCHLÍKOVÁ – TOMÁŠ JANÍK et al. , Oborové didaktiky, Vývoj – stav – perspektivy. Brno 2015, kap. Zdeněk BENEŠ – Blažena GRACOVÁ, Didaktika dějepisu: mezi socializací jedince a jeho individuální výchovou, s. 289 – 326.
- Zdeněk BENEŠ, Karol IV. jako exemplum edukacyjne / Karel IV. jako edukační exemplum. In Przelomowe wadarzenia historyczne we wspólczesnych polskich i czeskich podrecznikach szkolnych / Historické mezníky v současných polských a českých školních učebnicích. věd. red. Danuta Konieczka-Śliwińska i Malgorzata Machalek. Poznań 2018, s. 83-106/107-128.
- Zdeněk BENEŠ, La pensée et l’éducation techniques dans la société tchèque . In Marcela EFMERTOVÁ – André GRELON – Jan MIKEŠ, Des ingńieurs pour un monde nouveau. Histoire des enseignements élektgkrotechniques (Europe, Amériques) XIXe – XXe siécle. P.I.E. Lang, Bruxelles-Berlin.Bern-Frankfurt (M.).New York-Oxford-Wien 2016, s. 77-87.
- Zdeněk BENEŠ, T. G. Masaryk jako historik? !. In Dvě století nacionalismu. Pocta prof. janu Rychlíkovi. Praha 2014, s. 165-170.
- Zdeněk BENEŠ, Historiografie 19. století a Moderní a soudobé dějiny – jejich výuka a edukace jimi..In Jana ČECHUROVÁ – Jan RANDÁK a kol., Základní problémy studia moderních a soudobých dějin. Praha 2014, s. 59-117 a 185-202.
- Zdeněk BENEŠ, Raný novověk v českém historickém výzkumu a Raně novověká historiografie. In Marie ŠEDIVÁ KOLDINSKÁ – Ivo CERMAN a kol. Základní problémy studia raného novověku. Praha 2013, s. 27-53 a 615-648.
Článek v časopise nebo v relativně pravidelně vycházejícím sborníku
- Zdeněk BENEŠ , Vratislav Čapek a česká didaktika dějepisu. (Ještě jedno ohlédnutí za životem a dílem). HOP 12 1/2020 s. 163 – 176.
- Zdeněk BENEŠ , Rozhovor se Zdeňkem Benešem o vzdělanosti, vzdělávání a významu školního dějepisu. Komenský. Časopis pro učitele ZŠ. roč. 145, 01/2020. s. 5-14 ISSN 0323-0449
- Zdeněk BENEŠ , Dva historici, dva životy, dva osudy. Od Ještěda k Troskám 1/2020 roč. XXVII (XLIII), s. 4-9. ISSN 1214-1798.
- Zdeněk BENEŠ , Vratislav Čapek (19. listopadu 1923 – 1. dubna 2019). ČČH 117, 2/2019, s. 492 – 498.
- Zdeněk BENEŠ , 150. výročí narození Josefa Pekaře. Z Českého ráje a Podkrkonoší 33/2020, s. 9 -14. (Řeč u hrobu JP v Jeníšovicích 26. 9. 2020)
- Jiří MAREŠ- Zdeněk BENEŠ, Etics – Morality – Scholl. Pedagogika, 2019, 69(4), 395–399.
- Zdeněk BENEŠ – Tomáš BOROVSKÝ – Jan DVOŘÁK, , Dialog napříč časem III. ČMM 137/2018 , s. 363 – 364
- Zdeněk BENEŠ, Jaroslav Marek o soudobém dějepisectví poloviny 20. století. ČMM 137/2018, s. 387-399.
- Petra Köpplová. Zdeněk BENEŠ – Tomáš HAVRÁNEK, Lest rozumu. Rozhovor o vzdělání, jeho kvalitě a budoucnosti vedla P. Köpplová. Forum UK 42/2018, s. 4-11.
- Zdeněk BENEŠ , Historická výročí jako zpřítomňování dějin. Přednášky z 60. běhu LŠSS, Praha 2017, s.182-194.
- Zdeněk BENEŠ, Za Josefem Petráněm. Trocha zamyšlení a vzpomínání. HOP 1/2018, s. 199-206.
- Zdeněk BENEŠ, Malé zamyšlení nad velkým tématem. HOP 9, 2017/2, s. 9-14.
- Zdeněk BENEŠ , October 28, 1918. Rewriting Czech historical memory, or its overlayering?
- In: Wioletta JULKOWSKA – W. WERNER (edd.) Memory of Heritage – Heritage of Memory. Poznań UAM 2016, s. 208-227.
- Též časopisecky in Historia@Teoria. 2016/1. s. 101-120
- Zdeněk BENEŠ, Písmák jako sociokulturní typ, HOP 9, 1/2017, s. 9-22.
- Zdeněk BENEŠ, Velká válka a edukace historií. In: Historická sociologie 2016/2 , s. 101 – 112.
- Zdeněk BENEŠ, O moci a bezmoci vzdělání. Pedagogika, roč. 65, č. 4, 2015, s. 434–441. (Slavnostní přednáška k 667. výročí založení Univerzity Karlovy, Karolinum 7. 4. 2015)
- Zdeněk BENEŠ, Cesty z krize. Přednášky z 57. běhu LŠSS. Praha 2014, s. 151-161.
Článek ve sborníku
- Zdeněk BENEŠ , Kniha jako dárek i jako zbraň. In: Pro pana profesora
Libora Jána k životnímu jubileu. K vydání připravili Bronislav
Chocholáč, Jiří Malíř, Lukáš Reitinger a Martin Wihoda. Brno 2020, s.
893-906.
- Zdeněk BENEŠ , Historickou edukací k 28. říjnu 1918? Aneb obsahují dějepisné učebnice před rokem 1918 předpoklady pro vznik Československa? In Blažena Gracová, Martin Tomášek, Barbara Baarová (eds.), Rok 1918, jeho předpoklady a význam v českých/československých a polských učebnicích. Ostrava 2020, s. 23-41
- Zdeněk BENEŠ, Rok 1918, jeho předpoklady, důsledky a význam v českých/československých a polských učebnicích // Rok 1918, jego zaloźenia, konsekwencje i znaczenie w czeskich/czechoslowackich i polskich podręcznikach szkolnych. Eds. B. Gracová ad. Ostrava 2020, s. 23-42.
- Zdeněk BENEŠ , 28. říjen jako realita a interpretace. In Róbert Letz – Pavol Makyna (eds.) Rok 1918 v historickej pamäti Slovenska a Strednej Europy, Matica slovenská 2020, s. 161 – 188.
- Zdeněk BENEŠ , Mezi historickou technikou a ideami. Stať „Dějepisectví“ Josefa Pekaře z roku 1898. In Oldřich CHLÁDEK – Tomáš PETRÁČEK – Jan SÍČ – Veronika STACHUROVÁ (eds.) Jdi svou cestou a nech lidi mluvit. Variety sociálních a kulturních dějin. Sb. k 65. narozeninám Jaroslava Čechury. Praha 2018, s. 209 – 217.
- Zdeněk BENEŠ , Venkov a jeho sociální struktura pohledem Františka Kutnara In Dějiny, smysl a modernita. K 75. narozeninám Miloše Havelky, Praha 2019, s. 347-357.
- Zdeněk BENEŠ, Socialismus. Jeho idea a jeho realita v českých učebnicích dějepisu / Socjalizm. Jeho idea i rzeczywistosc w czeskich podrecznikach do historii. In Blažena GRACOÁ – Martin Tomášek (eds.) Obraz období „socialismu“ v českých a polských učebnicích dějepisu / Obraz okresu „socjalizmu“ w czeskich i polskich podrecznikach. Ostrava 2016, s.14-31 / 202 – 223.
- Zdeněk BENEŠ, Jeden zapomenutý text českého dějepisectví (Dějiny české v kamenotiskových obrazech). In Magdalena Nespěšná Hamsíková, Jana Peroutková, Stephan Scholz Eds.), Ecclesia docta. Společenství ducha a umění. K životnímu jubileu profesora Jiřího Kuthana. Praha 2016, s. 445 – 479.
- Zdeněk BENEŠ, Učebnice dějepisu jako edukační médium a jako historicko-didaktický text. In Blažen GRACOVÁ – Denisa LABISCHOVÁ – Józef SZYMECZEK (eds.) Vzájmený obraz souseda v polských a českých školních učebnicích. Ostrava 2014, s. 13-24.
- Zdeněk BENEŠ, Edukační možnosti regionální historiografie. In Výuka regionálních dějin na základní škole. Formy, metody, koncepce, zkušenosti. Sb. příspěvků z konference konaných 5. června 2014 v Schönsee. Plzeň 2014, s. 3-10.
Edice pramenů
- Zdeněk BENEŠ – Magdalena POKORNÁ (edd.), František Kutnar: O dějinách, lidu a lidech. Pavel Mervart, Červený Kostelec 2019, 396 s.
- Zdeněk BENEŠ (ed.), Jaroslav Marek: Proudy ve světové historiografii po druhé
- světové válce. (Neuveřejněná poslední kapitola Kutnarových a Markových Přehledných dějin českého a slovenského dějepisectví). ČMM 137/2018, s. 365-386.