• Milan HLAVAČKA, Podivná aliance, Praha, 1987, 214 s.
• Milan HLAVAČKA, Dějiny dopravy v českých zemích v období průmyslové revoluce, Praha 1990, 180 s.
• Milan HLAVAČKA, Jubilejní výstava 1891, Praha 1991, 152 s.
• Milan HLAVAČKA, Cestování v éře dostavníků. Všední den na středoevropských cestách, Praha 1996, 137 s.
• Milan HLAVAČKA, Karel Albrecht. Příběh druhého zimního krále, Praha 1997, 155 s.
• Milan HLAVAČKA, Trojspolek. Zahraniční politika a diplomacie Rakousko-Uherska, Německa a Itálie před první světovou válkou. Praha 1999 (přepracované vydání Podivné aliance za spoluautorství M. Pečenky), 280 s.
• Milan HLAVAČKA, Zlatý věk české samosprávy 1862–1914, Praha 2006
• Milan HLAVAČKA – Miroslav POLÍVKA – Petr VOREL – Zdeněk MĚŘÍNSKÝ – Martin WIHODA – Václav VÉBR, Dějiny Rakouska, oddíl: 1648–1918, Praha 2002, s. 272–473 (tři vydání)
• Milan HLAVAČKA – František KOLÁŘ, Jubilejní výstava 1891, Praha 1991 , s. 22–40.
• Milan HLAVAČKA, Samospráva Království českého jako předstupeň státní samostatnosti, in: Vývoj české ústavnosti 1618–1918. Sborník příspěvků, upořádali Karel Malý a Ladislav Soukup, Praha 2006, s. 600–621, ISBN 80-246-1209-7
• Dějiny českých zemí, Jaroslav Pánek, Oldřich Tůma a kolektiv, Praha – Karolinum 2008, s. 221–260, ISBN 978-80-246-1544-8, Anglická verze: A History of Czech Lands, s. 281–328, Prague 2009
• Milan HLAVAČKA, Vnitrozemská plavba v českých zemích v 19. století a prameny statistické povahy, in: Milan Myška, Aleš Zářický a kol., Prameny k hospodářským dějinám novověku 2, Ostrava 2010, s. 238–251, ISBN 978-80-7368-845-5
• Pavel BĚLINA – Milan HLAVAČKA – Daniela TINKOVÁ, Velké dějiny zemí Koruny české, svazek 11. a 1792–1860, Praha – Litomyšl 2013, ISBN 978-80-7432-347-8, ISBN 80-7185-264-3 (soubor)
• Milan HLAVAČKA – Jan P. KUČERA – Jan KAŠE – Daniela TINKOVÁ, Velké dějiny zemí Koruny české, svazek 11. b 1792–1860, Praha – Litomyšl 2013, ISBN 978-80-7432-348-5
• Milan HLAVAČKA a kol., České země v 19. století. Proměny společnosti v moderní době I, Praha 2013, ISBN 978-80-7286-207-8
• Milan HLAVAČKA a kol., České země v 19. století. Proměny společnosti v moderní době II, Praha 2014, ISBN 978-807286-218-4 a 978-80-7286-219-1
• Milan HLAVAČKA – Jiří POKORNÝ – Olga FEJTOVÁ – Pavel CIBULKA – Pavel BEK, Sociální myšlení a sociální praxe v českých zemích 1781–1939. Ideje – legislativa – instituce, Praha 2015. 635 s., ISBN 978-80-7286-241-2
• Ludvík LOSOS – Ivo MAHEL – Milan HLAVAČKA, Salonní vozy Ringhoffer. Salonwagen Ringhoffer. Ringhoffer Salon Coaches, Praha 2017. 380 s. ISBN 978-80-7270-057-8
• Milan HLAVAČKA – Zdeněk MUNZAR – Zdeněk VAŠEK, S Bohem za císaře a vlasť! Čeští důstojníci ve válkách let 1848–1849, Praha 2018, 491 s., ISBN 978-80-200-2815-0; 978-80-7278-742-5
• Milan HLAVAČKA, Pavel BEK, Ringhofferové: Rodina a podnikání, Praha 2019, 520 s. ISBN 978-80-7286-324-2
• Dějiny Prahy, díl II, Praha 1998, oddíl IV a V: Zrod moderního velkoměsta z hlediska infrastruktury, s. 60–67, 177–212.

Článek v časopise nebo v relativně pravidelně vycházejícím sborníku

• Milan HLAVAČKA, Selbstverwaltung des Königreichs Böhmens in den Jahren 1861–1918, „Die Heimstatt des Historikers sind die Archive.“ Festschrift für Lothar Höbelt, Wien: Böhlau Wien – Brill Österreich, 2022 (Hlavačka, M.; Kalwoda, J.; Pammer, M.; Rogister, J.; Velek, L.), s. 253–266. ISBN 978-3-205-21563-9
• Milan HLAVAČKA, Abbé Scipio Piattoli ve Slovanském přehledu podruhé, Slovanský přehled. Roč. 107, č. 2 (2021), s. 473–509, ISSN 0037-6922
• Milan HLAVAČKA, Graf Egbert Belcredi und das „Mobilmachung“ des mährischen Landesvolkes. [Count Egbert Belcredi and the „mobilization“ of the Moravian people.], Moderní dějiny, roč. 28, č. 1 (2020), s. 307–314. ISSN 1210-6860
• Milan HLAVAČKA, Die Verräumlichung der bürokratischen Kommunikation durch politisch-juristische und verwaltungstechnische Institutionalisierung in Böhmen bis zum Ersten Weltkrieg, Geschichte und Region/Storia e regione 26. Jahrgang, 2017, Heft 1 – anno XXVI, 2017, n. 1, Veränderung des Raums, s. 87–110. Ke stažení na: https://storiaeregione.eu/attachment/get/up_690_15892126897567.pdf
• Milan HLAVAČKA, Zemská samospráva a veřejné zdravotnictví. Diskuse o platech lékařů a správních úředníků veřejných nemocnic v Čechách na přelomu 19. a 20. století, Český časopis historický 3/2020, s. 639–669.
• Milan HLAVAČKA, Graf Egbert Belcredi und die „Mobilmachung“ des mährischen Landesvolkes, Moderní dějiny, roč. 28307–314, 2020, č. 1, s. 307–314.
• Milan HLAVAČKA, Family business history – nová disciplína na hraně hospodářských a sociálních dějin? Český časopis historický, roč. 115, č. 3, 2017, s. 661–683.
• Milan HLAVAČKA, Cesta na výsluní: Emancipace české technické inteligence na přelomu 19. a 20. století, Moderní dějiny 2014/2, roč. 22, s. 23–37.
• Milan HLAVAČKA, Family businesses and their roots in Central European society in the 19th century, Moderní dějiny 2016/2, s, 1–22.
• Milan HLAVAČKA, Stavitel železnic Eduard Bazika ve světle svých pamětí, Středočeský sborník historický, svazek 42/2016, s. 217–237.
• Milan HLAVAČKA, „Die Namen mit den Erfordernissen der Zeit in Einklang bringen“. Der Wandel der Toponyme in den böhmischen Ländern nach 1945, Bohemia 52 (2012), 303–338.
• Milan HLAVAČKA, Jak mohlo docházet k národnostním sporům v Čechách druhé poloviny 19. století? Theatrum historie 7, 2010, s. 273–286.

Článek ve sborníku

• Milan HLAVAČKA, Civil society, The Birth of modern central European citizen. Roma: Viella, 2022 (Stejskal, J.; Viktořík, M.), s. 13–23. ISBN 978-88-3313-88
• Milan HLAVAČKA, Kavalírská cesta po fabrikách. Studijní a pracovní cesta dvacetiletého Františka Ringhoffera po střední a západní Evropě v letech 1837–38. In: Oldřich Chládek – Tomáš Petráček – Jan Síč – Veronika Stachurová Kucrová (eds.), Jdi svou cestou a nech lidi mluvit. Variety sociálních a kulturních dějin. Profesoru Jaroslavu Čechurovi k 66. narozeninám, Opera Facultatis theologiae catholicae Universitatis Carolinae Pragensis. Historia et historia artium vol. XXXII, Praha 2018, 744 s.
• Milan HLAVAČKA, The joyous lamentation over the decaying discipline of the development of economic history in recent decades. In: The proces of creating social networks, their signifikance and role during the formation of modern society, Aleš Zářický – Lukáš Fasora (edd.), Ostrava, Brno 2018, ISBN 978-80-7599-047-1, s. 17–28.
• Milan HLAVAČKA, Family business history – a new discipline at the edges of economic and social history? In: The proces of creating social networks, their signifikance and role during the formation of modern society, Aleš Zářický – Lukáš Fasora (edd.), Ostrava, Brno 2018, ISBN 978-80-7599-047-1, s. 29–48.
• Milan HLAVAČKA, Občanská společnost. Nekonečné hledání definice a obsahu, in: Milan Hlavačka – Jakub Raška a spol., Symboly doby. Historické eseje, Praha 2019, s. 221–234.
• Milan HLAVAČKA, Kontrolovaný čas. Píchací hodiny, in: Milan Hlavačka – Jakub Raška a spol., Symboly doby. Historické eseje, Praha 2019, s. 257–264, ISBN 978-80-7286-335-8
• Milan HLAVAČKA, Ein Paar Thesen über Zivilgesellschaft in Böhmen, Evropská civilizace a její problémy – Svazek 1. Jubilejní sborník Bedřicha Loewensteina (k nedožitým devadesátinám). Die europäische Zivilisation und ihre Probleme – Band 1 (zum nicht erreichten neunzingsten Geburtstag). Festschrift für Bedřich Loewenstein, Kulmbach 2019, s. 42–59. ISBN 978-3-943506-60-0
• Milan HLAVAČKA, Samospráva Království českého jako předstupeň státní samostatnosti, in: Vývoj české ústavnosti 1618–1918. Sborník příspěvků, upořádali Karel Malý a Ladislav Soukup, Praha 2006, s. 600–621, ISBN 80-246-1209-7
• Milan HLAVAČKA, Franz (František) Ringhoffer – zakladatel smíchovské vagonky (28. 4. 1817 – 23. 3. 1873), in: Fenomén Ringhoffer: Rodina, podnikání, politika, Práce z dějin techniky a přírodních věd – svazek 55, Milan Hlavačka – Miloš Hořejš a kol., Praha NTM 2019, s. 42–49, ISBN 978-80-7037-303-3
• Milan HLAVAČKA, Samospráva Království českého jako předstupeň státní samostatnosti, in: Vývoj české ústavnosti 1618–1918. Sborník příspěvků, upořádali Karel Malý a Ladislav Soukup, Praha 2006, s. 600–621, ISBN 80-246-1209-7
• Milan HLAVAČKA, Samospráva Království českého jako předstupeň státní samostatnosti, in: Vývoj české ústavnosti 1618–1918. Sborník příspěvků, upořádali Karel Malý a Ladislav Soukup, Praha 2006, s. 600–621, ISBN 80-246-1209-7
• Milan HLAVAČKA – Martin PELC, Anglophilia in Bohemia in the 19th Century: Phrenology, Self-government, Social Question, Darwinism, and Sport. In: Rechtstransfer in der Geschichte: Internationale Festschrift für Wilhelm Brauneder zum 75. Geburtstag, Gábor Hamza, Milan Hlavačka, Kazuhiro Takii Hrsg., Frankfurt a. M. 2019. s. 171–185. ISBN 978-3-631-79525-5
• Milan HLAVAČKA, Samospráva Království českého jako předstupeň státní samostatnosti, in: Vývoj české ústavnosti 1618–1918. Sborník příspěvků, upořádali Karel Malý a Ladislav Soukup, Praha 2006, s. 600–621, ISBN 80-246-1209-7
• Milan HLAVAČKA, Samospráva Království českého jako předstupeň státní samostatnosti, in: Vývoj české ústavnosti 1618–1918. Sborník příspěvků, upořádali Karel Malý a Ladislav Soukup, Praha 2006, s. 600–621, ISBN 80-246-1209-7
• Milan HLAVAČKA, Samospráva království Českého v letech 1861–1918, in: Sborník Poštovního muzea 2020 k 70. narozeninám PhDr. Jana Galušky, Praha 2020, s. 142-155  ISBN 978-80-86437-23-1
• Milan HLAVAČKA, Samospráva Království českého jako předstupeň státní samostatnosti, in: Vývoj české ústavnosti 1618–1918. Sborník příspěvků, upořádali Karel Malý a Ladislav Soukup, Praha 2006, s. 600–621, ISBN 80-246-1209-7

Celý sborník

• „Die Heimstatt des Historikers sind die Archive.“ Festschrift für Lothar Höbelt. Wien: Böhlau Wien – Brill Österreich 2022 (Hlavačka, M.; Kalwoda, J.; Pammer, M.; Rogister, J.; Velek, L.), s. 253–266. ISBN 978-3-205-21563-9
• Milan Hlavačka – Miloslav Bednář a kol. (eds.), Válka a revoluce jako hybatelé dějin a česká dějinná zkušenost, Praha 2021, ISBN 978-80-7286-372-3
• Ringhofferové: Rodina, podnikání, rodina, in: Fenomén Ringhoffer: Rodina, podnikání, politika, Milan Hlavačka – Miloš Hořejš (ed.), Práce z dějin techniky, Praha 2019, s. 303–312. ISBN 978-80-7286-335-8
• Rodinné podnikání v moderní době, eds. Milan Hlavačka – Pavel Bek, Praha 2018, ISBN 978-80-7286-318-1
• Symboly doby. Historické eseje, eds. Milan Hlavačka – Jakub Raška a spol., Praha 2019, ISBN 978-80-7286-335-8
• Fenomén Ringhoffer: rodina, podnikání, politika. Praha: Národní technické muzeum, 2019 (Hlavačka, M.; Hořejš, M.), s. 18–29. Práce z dějin techniky a přírodních věd, 55. ISBN 978-80-7037-303-3
• Gerhard Ammerer, Igonda Hannesschläger, Milan Hlavačka, Martin Holý (Hg.), Präzedenz, Netzwerke und Transfer. Kommunikationsstrukturen von Herrscherhöfen und Adelsrezidenzen in der Frühen Neuzeit, Leipziger Universitätsverlag GmbH 2016, ISBN 978-3-86583-932-2
• Bürgerliche Gesellschaft auf dem Papier: Konstruktion, Kodifikation und Realisation der Zivilgesellschaft in der Habsburgermonarchie. (Schriften zur Europäischen Rechts- und Verfassungsgeschichte) Broschiert, eds. Milan Hlavačka, Wilhelm Brauneder, Berlin 2014, ISBN 978-3-428-83935-3
• Tschechien und Bayern. Gegenüberstellungen und Vergleiche vom Mittelalter bis zur Gegenwart, hrsg. von Milan Hlavačka, Robert Luft, Ulrike Lunow, s. 151–168, ISBN 978-3-944396-59-0
• Fejtová, Olga – Hlavačka, Milan – Václava Horčáková – Veronika Knotková, From Charity to Municipal Social Policy. In: Poverty, Charity and Social Welfare in Central Europe in the 19th and 20th Centuries. Newcastle upon Tyne: Cambridge Scholars Publishing, 2017
• Bedřich Loewenstein, Milan Hlavačka, František Šístek, Násilí: Jiná moderna, Historický ústav, Praha 2017
• Fejtová, Olga – Hlavačka, Milan, For You Always Have the Poor With You…: From Charity to Municipal Social Policy. In: Poverty, Charity and Social Welfare in Central Europe in the 19th and 20th Centuries. Newcastle upon Tyne 2017 – (Fejtová, O.; Hlavačka, M.; Horčáková, V.; Knotková, V.), s. 6–21. ISBN 978-1-4438-4497-0
• Hlavačka, Milan – Pokorný, Jiří – Fejtová, Olga – Cibulka, Pavel – Bek, Pavel, Sociální myšlení a sociální praxe v českých zemích 1781–1939. Ideje – legislativa – instituce, Praha: Historický ústav AV ČR, 2015. 635 s. (Práce Historického ústavu AV ČR, 54). ISBN 978-80-7286-241-2
• Rechtstransfer in der Geschichte: Internationale Festschrift für Wilhelm Brauneder zum 75. Geburtstag (Gábor Hamza, Milan Hlavačka, Kazuhiro Takii Hrsg.) Frankfurt a. M. 2019. s. 171–185. ISBN 978-3-631-79525-5

Edice pramenů

• Constitutions of the World from the late 18th Century to the Middle of the 19th Century. Europe, Editor in Chief Horst Dippel, Vol. 9: Czech Constitutional Documents 1848–1849, České ústavní dokumenty 1848–1849, edited by Milan Hlavačka, s. 200–310, Berlin, New York 2010, ISBN 978-3-598-35702-2, e-ISBN 978-3-11-023121-2
• Jiří Kristián Lobkowicz, Legislatorische Studie über das Gemeindewesen in Böhmen, in: Vývoj české ústavnosti 1618–1918. Sborník příspěvků, upořádali Karel Malý a Ladislav Soukup, Praha 2006, s. 966–1001, ISBN 80-246-1209-7 (společně se Zdeňkem Váchou)

Atlasy, encyklopedie a kroniky

• Akademický atlas českých dějin, ed. E. Semotanová, Praha 2014
• Akademická encyklopedie českých zemí I.–VI., ed. J. Pánek 2005–2021
• Encyklopedie českých právních dějin, I. svazek D–J, K. Schelle, J. Tauchen (eds.), Plzeň 2016
• Praha – Kronika metropole, Praha 2006

Učební texty

• Milan HLAVAČKA, Lidé v dějinách. Dějepis pro 2. stupeň základní školy. Doba vrcholného absolutismu 1740–1848, Praha 1995, 80 s.
• Milan HLAVAČKA, Lidé v dějinách. Dějepis pro 2. stupeň základní školy. Doba konstituční 1848–1918, Praha 1995, 64 s.
• Milan HLAVAČKA – Zuzana HLAVAČKOVÁ, Pracovní sešit k učebnici Lidé v dějinách. Novověk I, II, Praha 1996, 32 s.
• Milan HLAVAČKA, Dějiny moderní doby. 1. díl: 1870–1918, Praha 1997, 62 s.
• Milan HLAVAČKA, Dějiny novověku. Učebnice pro základní školy. Učebnice pro osmý ročník základních škol, Praha 1999, s. 128
• Milan HLAVAČKA, Dějiny novověku. Učebnice pro gymnázia, Praha 2001, 2017, 175 s.
• Milan HLAVAČKA, Učební text pro odborné a střední školy, Praha: Scientia 2002, 35 s.

Ostatní publikace: Popularizace oboru

• Tajemství slavných. Podivuhodné příběhy světových dějin I, Praha 1999, 2. vydání 2001, kolektiv autorů, s. 128–143.
• Příbuzní českých králů. Praha 1999 (společně s J. Čechurou a M. Koldinskou), s. 120–165.
• Historie českých spiknutí. Praha: Akropolis, 2000, (společně s J. Čechurou, J. Čechurovou, a M. Koldinskou), s. 110–131.
• Tajemství slavných. Podivuhodné příběhy světových dějin II., Praha 2001, kolektiv autorů, s. 112–129.
• Falza a podvody české historie, Praha 2001, společně s Jaroslavem Čechurou, Janou Čechurovou, a Marií Koldínskou, s. 96–138.
• Královská trilogie, Praha 2002, (společně s J. Čechurou, J. Mikulcem a E. Maurem), s. 138–190, 343–396 a 540–572; Královská trilogie, Praha, Ottovo nakladatelství, Praha 2007, ISBN 978-80-7360-634-3; Královská trilogie, Praha, Ottovo nakladatelství, Praha 2016, ISBN 978-80- 7451-505-7
• Ženy a milenky českých králů, Praha 1994, společně s E. Maurem a J. Čechurou, Praha 1994, s. 152–204.
• Muži a milenci českých královen, Praha 1995, společně s J. Čechurou a J. Mikulcem, s. 165–212.
• Děti a levobočci českých králů, Praha 1995, společně s J. Čechurou a J. Mikulcem, s. 142–204.
• Čtení o Severní dráze Ferdinandově, společně s J. Honsem, Z. Marunou a K. Zeithammerem. Praha 1990, str. 9–16, 70–80, 111–117, 140–145, 153–158, 203–210, 229–238.