Oddělení moderních a soudobých dějin vzniklo v roce 2016 spojením původně samostatných seminářů českých moderních dějin a soudobých dějin. Oddělení zabezpečuje výuku i výzkum období od sklonku 18. století až de facto po současnost. Na počátku sledované doby stojí utváření moderního českého národa, jeho konec je však otevřený.  Z praktických důvodů je chronologický výklad v rámci kursových přednášek prozatím ukončen rokem 1992, tedy zánikem československého státu. V rámci další výuky včetně bakalářských a diplomových seminářů nicméně dochází k časovému přesahu do procesu postkomunistické transformace. Období je zkoumáno komplexně. Jeho vysvětlování a prezentace se neomezují pouze na politické dějiny, ale všímají si rovněž vývoje sociálního, kulturního, hospodářského i ideového a intelektuálního. Výklad i výzkum nejsou pojaty úzce pouze jako dějiny českého národa v Rakousku, Rakousko-Uhersku a Československu, ale rovněž jako historie širšího rakousko-uherského a československého prostoru v příslušném období a to v mezinárodním kontextu. Při studiu 19. století je přiměřeně věnována pozornost i dalším národům monarchie a ve 20. století (pro období let 1918–1992) všem národům a národnostem žijícím v dané době na československém území. Stejně jsou badatelsky a pedagogicky pokryta i území patřící k československému státu, která měla částečně odlišný vývoj od českých zemí (Slovensko, Podkarpatská Rus). Pedagogicky jsou problémy vztahu národů Rakousko-Uherska, otázky národnostních menšin v Československu a dějiny Slovenska a Podkarpatské Rusi pokrývány formou volitelných a specializačních přednášek a seminářů.

Vedle jednotlivých projektů bylo společné badatelské úsilí členů oddělení původně rozvíjeno především v rámci Programu rozvoje vědních oblastí na Univerzitě Karlově č. P12 Historie v interdisciplinární perspektivě (podprogram Společnost, kultura a komunikace v českých dějinách). Posléze se pracovníci oddělení podíleli na realizaci úkolů v rámci programu PROGRES. V současnosti se zapojuje do řešení společného univerzitního programu Cooperatio.

Cílem pedagogického působení oddělení je poskytnout posluchačům v bakalářském studiu celkový přehled o českých dějinách 19., 20. i počátku 21. století a posluchačům navazujícího magisterského studia komplexní pohled na české a československé dějiny v 19. a 20. století, a to v širším evropském kontextu. Konkrétně pro jednotlivá období:

• pro období 1792–1914: ukázat posluchačům s maximální možnou objektivitou postavení českého národa v habsburské monarchii se všemi pozitivy i negativy a vysvětlit význam tohoto období pro český vývoj, především z hlediska formování se politické kultury a tradic parlamentarismu, národní vývoj Čechů ukázat v komparaci jinými národy monarchie;
• pro období 1918–1945: správně charakterizovat význam první československé republiky a její rozdílné vnímání u Čechů, Slováků a příslušníků národnostních menšin, ukázat posluchačům v čem byl její přínos a v čem její nedostatky. Vysvětlit rozdílnou situaci Čechů a Slováků v letech 1939–1945 a její důsledky pro poválečný vývoj;
• pro období 1945–1989: ukázat příčiny a mezinárodní souvislosti nastolení komunistického režimu, ukázat (nedemokratický) charakter tohoto zřízení včetně jeho „progresívních“ rysů v oblasti sociální politiky, pokusy o jeho reformu v letech 1968–1969 a příčiny jeho zániku v roce 1989;
• pro období po roce 1989: vysvětlit příčiny zániku Československa jako státu v roce 1992 a hlavní body politické a ekonomické transformace.

Z uvedených okruhů si posluchači volí i náměty pro své bakalářské a diplomové práce.

Pedagogická činnost zahrnuje pro každé období seznámení posluchačů s historiografií příslušného období, základní historiografický výcvik včetně kritické práce s prameny, získání základních faktografických informací. Dále pak zahrnuje odborné vedení v procesu přípravy a psaní bakalářské a magisterské, resp. v doktorském programu dizertační práce.

Členové oddělení rovněž pravidelně vstupují do veřejné diskuze prostřednictvím vystoupení v médiích, stejně jako se rozličnými způsoby podílí na popularizaci dějin a v roli expertů a hodnotitelů spolupracují s různými organizacemi kultivujícími historické vědomí české veřejnosti (mj. Společnost Edvarda Beneše, Památník Lidice, Post Bellum – Příběhy našich sousedů).