Knižní monografie
- Michal STEHLÍK: Krok do propasti. 37 příběhů roku 1937, Praha 2017, Academia, 188 s.
- Michal STEHLÍK: Babické vraždy 1951, Academia, Praha 2016, Academia, 256 s.
- Michal STEHLÍK: Slovensko. Země probuzená 1918–1938, Praha 2015, Academia, 196 s.
- Michal STEHLÍK: Češi a Slováci 1882–1914. Nezřetelnost společné cesty, Praha 2009, Togga, 170 s.
- Andrej TÓTH, Lukáš NOVOTNÝ, Michal STEHLÍK: Národnostní politika v Československu 1918 -1938. Od státu národního ke státu národnostnímu, FF UK, Praha 2012, 720 s.
- Andrej TÓTH, Lukáš NOVOTNÝ, Michal STEHLÍK: Nemzeti kisebbségek Csehszlovákiában 1918 -1938, Pro Futuro Hungaria, Budapešť 2018, 543 s.
- Kol. autorů: Österreich. Tschechien. Geteilt. Getrennt. Vereint. Niederösterreichische Landesausstellung 2009, (ed. Stefan KARNER, Michal STEHLÍK), Schallaburg 2009, 543 s.
- Moje Československo (eds. Rudolf CHMEL, Michal STEHLÍK), Praha, Academia/Národní muzeum, Praha 2018, 339 s.
Článek v časopise nebo v relativně pravidelně vycházejícím sborníku
- Michal STEHLÍK: The Slovak Autonomist Movement in Czechoslovakia 1918-1938, In: Öt Kontinens, N. 2010, Budapešť 2011, s. 217-232.
- Michal STEHLÍK: Between Atheism and Clericalism: Czechs, Slovaks and Cetral Europe in the Light of Catholic Activism 1890-1918, In: Jeziki, identite, pripadnosti med središi in obrodi (eds. Ahačič, K., Testen, P.), Ljubljana 2011, s. 247-253.
- Michal STEHLÍK: Přednáškové turné Andreje Hlinky v Čechách a na Moravě 1907. Obraz česko-slovenských vztahů před první světovou válkou, In: Československá historická ročenka 1999, Brno 2000, s. 83–95.
- Michal STEHLÍK: Hvězdná hodina P. dr. Aloise Kolíska. Příspěvek k česko-slovenským vztahům v letech 1906-1908, Vlastivědný věstník moravský, Brno, č. 1/2001, s. 17–23.
- Michal STEHLÍK: Tři cesty ke Slovensku (Kálal, Kolísek, Rotnágl) 1896- 1914, Československá historická ročenka 2004, 1214-8334, Brno 2005, s. 173–184.
- Michal STEHLÍK: Případ generála Ferjenčíka 1949. Příspěvek k československé emigraci po roce 1948, In: Historie a vojenství, 4/2009, s. 69–73.
- Michal STEHLÍK: Je vhodná doba se s nimi vypořádat… Úloha církevních oddělení Krajského národního výboru Jihlava a Okresního národního výboru Moravské Budějovice v případu Babice v roce 1951, In: Paměť a dějiny, ročník 2, č. 1/2008, s. 53–59.
- Michal STEHLÍK, M.: Katyň 1943. Protektorátní propaganda, zákulisí a osudy českých svědků, In: Paměť a dějiny, ročník 4, č. 4/2010, s. 5–21.
Edice pramenů
- Michal STEHLÍK, Lucie STEHLÍKOVÁ (eds.): Valenová, Danica.: Nic nedává, kdo nedá sám sebe. Deník 1945–1960, Praha 2012, 246 s.
- Michal STEHLÍK, Karolína CHUNDELOVÁ (eds.): Když byla Třebíč ještě Valdštejnská. Vzpomínky Starorakušanky 1938-1960, Třebíč 2014, 176 s.