1) Vědecké monografie

• HLAVAČKA, Milan. Podivná aliance. Praha: Mladá fronta, l987, 214 s.
• HLAVAČKA, Milan. Dějiny dopravy v českých zemích v období průmyslové revoluce. Praha: Academia l990, 180 s.
• HLAVAČKA, Milan. Jubilejní výstava l89l. Praha: Techkom l99l, 152 s.
• HLAVAČKA, Milan. Cestování v éře dostavníků. Všední den na středoevropských cestách. Praha: Argo, 1996, 137 s.
• HLAVAČKA, Milan. Karel Albrecht. Příběh druhého zimního krále. Praha: Akropolis 1997, 155 s.
• HLAVAČKA, Milan. Trojspolek: Zahraniční politika a diplomacie Rakousko-Uherska Německa a Itálie před první světovou válkou. Praha: Libri 1999 /přepracované vydání Podivné aliance za 3% spoluautorství M. Pečenky/, 280 s.
• HLAVAČKA, Milan. Zlatý věk české samosprávy 1862 – 1914. Praha: Libri 2006
• recenze: Bohemia. Zeitschrift für Geschichte und Kultur der böhmischen Länder, Band 47, Heft 2, 2006/07, s. 485 – 488, autor: Zdeňka Stoklásková
• Constitutions of the World from the late 18th Century to the Middle of the 19th Century. Europe, Editor in Chief Horst Dippel, Vol. 9: Czech Constitutional Documents 1848 – 1849 – České ústavní dokumenty 1848 – 1849, edited by Milan Hlavačka, s. 200 – 310, Berlin, New York 2010, ISBN 978-3-598-35702-2, e-ISBN 978-3-11-023121-2

2) Kapitoly v monografiích

• HLAVAČKA, Milan, POLÍVKA, Miroslav, Vorel, MĚŘÍNSKÝ, Zdeněk, WIHODA Martin a VÉBR, Václav. Dějiny Rakouska, oddíl: 1648 – 1918. Praha: Nakladatelství Lidové noviny 2002, s. 272 – 473
• HLAVAČKA, Milan., Kolář, František: Slovo k historii: Jubilejní výstava l89l. Praha: Melantrich l99l , s. 22 – 40
• HLAVAČKA, Milan, RATHKOLB Oliver, DUFEK, Vladimír. Jungbunzlauer: Eine europäische Erfolgsgeschichte. Wien 1993, s. 4 – 11
• HLAVAČKA, Milan, KREJČIŘÍK, Mojmír, JAKUBEC, Ivan, JANSA, František a MARUNA, Zdeněk. Železnice Čech, Moravy a Slezska. Vydáno při příležitosti 150.výročí otevření olomoucko-pražské dráhy a příjezdu prvního vlaku do Prahy. Praha: Nakladatelství NN 1995, s. 9 – 35
• Dějiny Prahy, díl II, Praha – Paseka 1998, oddíl IV a V: Zrod moderního velkoměsta z hlediska infrastruktury, s. 60 – 67, 177 – 212
• Praha – Kronika metropole, Praha 2006, ISBN 80-7321-267-6 (10% textu)
• Samospráva Království českého jako předstupeň státní samostatnosti, in: Vývoj české ústavnosti 1618 – 1918. Sborník příspěvků, upořádali Karel Malý a Ladislav Soukup, Praha 2006, s. 600 – 621, ISBN 80-246-1209-7
• Jiří Kristián Lobkowicz, Legislatorische Studie über das Gemeindewesen in Böhmen, in: Vývoj české ústavnosti 1618 – 1918. Sborník příspěvků, upořádali Karel Malý a Ladislav Soukup, Praha 2006, s. 966 – 1001, ISBN 80-246-1209-7 (společně se Zdeňkem Váchou)
• Dějiny českých zemí, Jaroslav Pánek, Oldřich Tůma a kolektiv, Praha – Karolinum 2008, s. 221 – 260, ISBN 978-80-246-1544-8
• Anglická verze: A History of Czech Lands, s. 281 – 328, Prague 2009
• Čeští králové, Marie Ryantová, Petr Vorel ed., Praha – Paseka 2008, s. 453 – 474, ISBN 978-80-7185-940-6
• Akademická encyklopedie českých dějin, díl I, vědecký redaktor Jaroslav Pánek, Praha 2009, ISBN 978-80-7286-147-7
• Vnitrozemská plavba v českých zemích v 19. století a prameny statistické povahy, in: Milan Myška, Aleš Zářický a kol., Prameny k hospodářským dějinám novověku 2, Ostrava 2010, s. 238 – 251, ISBN 978-80-7368-845-5
• Akademická encyklopedie českých dějin, díl II/1, vědecký redaktor Jaroslav Pánek, Praha 2011, ISBN 978-80-7286-193-4
• Josef Tomeš a kolektiv, Tváře našich parlamentů 1861 – 2011. 150 let parlamentarismu v českých zemích, Praha 2012, s. 296 – 302, ISBN 978-80-7422-190-3
• Akademická encyklopedie českých dějin, díl II/2, vědecký redaktor Jaroslav Pánek, Praha
• Akademická encyklopedie českých dějin, díl III, vědecký redaktor Jaroslav Pánek, Praha
• Velké dějiny zemí Koruny české, svazek 11. a 1792 – 1860, Praha Litomyšl 2013 (Pavel Bělina, Milan Hlavačka, Daniela Tinková), ISBN 978-80-7432-347-8, ISBN 80-7185-264-3 (soubor)